据可持续航运倡议组织(SSI)所做的一项调查显示，从长远来看，由于面临着多种挑战，生物燃料在航运业的去碳化过程中不大可能成为普遍应用的零碳燃料选项。该调查报告已在今年12月于马德里举行的第25届联合国气候变化大会上发表。
把源自生物量(biomass)的燃料(即生物燃料)作为初级能源使用对航运业来说或许很有吸引力。生物量可以用作生产乙醇、甲醇、液化生物气(LBG)或生物柴油等醇类燃料的原料。这类燃料可以当作添加类燃料(drop-in)或混合燃料来使用，只需对现有发动机、机械和存储系统做出微小的改动，这样还能简化目前的化石燃料过渡流程。因此，在目前被考虑应用于深海航运的各种零碳替代燃料中，这些生物燃料可谓是“技术就绪”程度最高的一种。
但是目前生物燃料在各种领域(包括航运业)的应用还存在着诸多争议。生物燃料能否成为未来的零碳燃料选项，最主要的问题是其可用量不足。据了解，生物燃料的供需平衡相当紧张，恐无法满足航运业的能源需求。
是否存在足够多的可持续生物量供航运业和其他行业使用？在这个问题上业界还没有达成共识。目前的理解是，基于生物量的去碳化方式具有相当大的供应风险，因而价格方面也有风险。
不过，对航运业而言，在50-100艾焦(能量单位EJ)的工作假设(working assumption)范围内也有一些供应充足的情况。报告指出，关键的假设需要实现以下几方面的要求：对专门种植的能源作物的使用作出较高预测；对农业废弃物残渣进行高度回收；公路运输实现电气化；对生物材料的需求在小到中间水平。
此外，参与调查的大多数利益相关方都认为生物燃料可以在2030年和2050年满足航运业10%-30%的能源需求，2030年的生物燃料应用可能比2050年更广泛，也就是说生物燃料是一项短期而非长远的解决方案。
可持续航运倡议组织指出：“此次调查所咨询的业界人士认为，在短期之内，生物燃料可能会在早期碳减排行动中扮演重要角色。最低的供应量工作假设(即50艾焦)足以满足航运业当前的能量需求，而目前全球所使用的高级生物燃料只有0.25艾焦。因此，在可持续生物原料未得到充分利用的情况下，航运业还有一个使用可持续生物燃料的潜在机会。不过，生物燃料的供应方面仍然存在不确定性，某些利益相关方认为其供应可覆盖本世纪20年代”大部分年份，具体则取决于供求关系。
调查还进一步显示，即使不考虑潜在的供求限制因素，生物燃料的应用也附带着增加碳排放的额外风险。“所有支持使用生物燃料的利益相关方都考虑将生物燃料的认证作为其应用的先决条件，以便确保生物燃料供应链的透明度和可持续性。但是，其他人则认为目前的可持续性认证计划是多余的。为航运业引进生物燃料的一个潜在方式是使用源自废弃物和残渣的生物原料，而非专门种植的能源作物。如果专门种植的能源作物经过认证是使用了领先的可持续标准培育，并且来源于土地治理、碳排放和生物多样性认证严格的地区，一些利益相关方就认为它们在可持续性方面的风险较低，不过也有人认为风险依然较高。”
调查报告总结道，航运业无法仅凭一己之力解决或者处理这些风险和不确定性。为了确保营造一个运转正常并且能够持续发展的生物经济，所有利益相关的行业以及包括港口、货主、燃料生产商、投资人、保险公司、监管机构等在内的整个航运业价值链都必须参与进来，共同协调合作。
