作为我国重要的港口城市，疫情期间深圳如何保障国际国内水上运输通道畅通便利、提高运输服务成为关注焦点，为此，深圳海事部门推出一些列助力港航企业全面复工复产的举措，精准做好国际航行船舶船员疫情防控、依法保障船员合法权益方面。
在海事业务的审批和办理上，大力推行“不见面办理”海事业务和“零接触”海事监管。实施“不见面办理”“容缺办理”“预约办理”“延期办理”等办理方式。充分利用海事政务服务平台，对可在网上申请的项目，实行全流程网上办理，对确需提交纸质材料的事项，通过邮寄等“不见面”方式提交。对需要交验证照原件的事项，申请人可在信用承诺基础上容缺办理，在疫情结束后15个工作日内再补办原件交验手续。对于国内航行船舶，在疫情防控期间到期且无法按期办理年检、审核或换发的，可延期办理。在海事监管工作中，推行“零接触”现场监管，通过深圳海事监管服务平台等“智慧海事”手段，更加精准筛选高风险检查对象，通过船舶自动识别系统、视频监控、无人机辅助执法、航运公司安全管理远程核查等手段和方式，对受检对象实施“零接触”现场监管。疫情期间，“不见面办理”业务量占到了海事业务总量的98%。
持续完善“绿色通道”“单一窗口”等工作机制，为疫情防控物资、重要生活生产物资、重要民生物资运输船舶优先提供优质海事服务，保障重点物资运输畅通。通过海事智能AR现场支持系统、网络在线视频等方式，对船载货物集装箱实施远程开箱检查，促进船载货物集装箱快速通关。推动实现铜鼓航道全天候通航，优化交通组织服务。加快推进“单一窗口”功能覆盖海运和贸易全链条，保障了船舶“申报零差错、通关零延误”。疫情防控期间，“单一窗口”应用率保持100%，海事申报环节提交材料由原来24项精简至12项，平均申报耗时从1.5小时降至0.16小时。
重点服务湾区重大工程和城市建设项目。对于重大涉水工程和深圳城市重点建设项目建立“一对一”定点联系制度，及时了解工程复工困难和需求。对于需要开展技术评审的水工审批项目，采取专家函询、线上会商等方式提供“马上办”服务，确保深中通道等湾区重大工程不间断施工。助力破解深圳城市建设重点项目复工复产“难点”，疫情防控期间弃土运输临时装船点作业期限届满的，在相关作业条件、环境等要素未发生变化，企业安全生产主体责任有效落实的基础上，允许临时装船点作业期限自动延期到疫情结束。
降低进出口环节收费，减轻企业运营压力。严格落实党中央、国务院、交通运输部的有关部署，从2020年3月1日至6月30日，免收进出口货物港口建设费，支持物流业纾解困难，加快恢复发展。从2020年3月1日至5月6日，深圳共免征港口建设费6069.63万元。
