作为长江下游港口，南京港承担着江海中转的重要任务。
龙潭港是长江规模最大、现代化程度最高的专用集装箱港区，是南京地区国际集装箱进出口的唯一通道，是国家级龙潭海港枢纽经济区，是南京航运（空）与综合枢纽名城核心区。“T”型经济发展战略带结合部，是南京、镇江、扬州三个城市的中心区域，也是安徽物资进出必经之路，同时可辐射长江沿线。
近年，龙潭港积极抢抓“一带一路”建设、长江经济带发展战略、长三角一体化发展战略等机遇，以打造区域航运物流中心为己任，构建了丰富货源体系和密集航线网络。货源辐射范围包括长江沿线、长江主要支流（湘江、赣江、大运河、淝河、淮河等），华南、华北等区域。拥有始发近洋航线、外贸内支线、内贸沿海干线、中转航线、区域穿梭巴士等航线每周近200班。
目前，龙潭港已形成了以装卸堆存主营业务为“龙头”，拆装箱（集散转换）、修洗箱业务为“两翼”功能布局，实现“一体两翼”良好发展格局，同时提供冷藏箱、危险品箱、特种箱等全方位、多功能服务。公司拥有仓库及拆装箱堆存面积近7万㎡，修洗箱场地近5万㎡，冷藏箱堆场近1万㎡，危险品箱堆场约1万㎡。
在江苏省港口集团和南京港集团的一体化推进进程中，南京港龙潭集装箱有限公司围绕江苏省港口集团对南京港集装箱的定位：发挥长江南京以下12.5米深水航道全面贯通和江海联运优势，重点强化周边和长江上游地区对接，打造区域近洋集装箱集散中心和远洋集装箱集并分拨中心，同时加速航运物流要素集聚，不断提升对区域集装箱航运物流资源的配置能力。
江苏省港口集团有限公司党委委员、副总经理，南京港（集团）有限公司党委书记唐洪生告诉记者，为抓住机遇，港口集团正在深化“区域一体化+专业化经营”体系改革。在“区域一体化”方面，放大江海河联运体系优势，目前，集团初步形成了宁镇扬、苏州两大枢纽港区错位协同、优势互补、集约利用的格局。
在以南京区域性航运物流中心为核心的宁镇扬江海中转综合枢纽，先行先试了宁镇扬散杂货商务一体化，南京、镇江、扬州、泰州等港区的协同效率有所提升；在以苏州港为中心的长江出海口枢纽，稳步推进苏州港扁平化改造；在两大枢纽的协同互动上，新开加密宁镇扬、宁太、张太、金太“穿梭巴士”航线，航线“串珠成链”、南京苏州两大枢纽的地位进一步巩固。此外，还积极参与江苏新出海口通州湾的建设运营工作。
在“专业化经营”方面，大力统筹业务板块整合。先后成立了长江集装箱事业部、集团信息中心、信息科技公司、集团大宗散货事业部、物流公司，启动了集团财务共享服务中心建设，完成了以江苏远洋为主体的航运板块重组、成立了航运事业部。
此外，江海联动正在加速。2017年5月22日江苏港口集团挂牌成立时，就与中远海运、上港集团、浙江海港集团共同签署了战略合作协议；2017年11月，集团与上港集团、中远海运签署了《战略合作谅解备忘录》，就叠加资源优势、推进多方共赢等方面达成了共识，为未来进一步合作奠定了良好基础。目前，江苏省港口集团至上海港、宁波-舟山港江海中转航线服务效能明显提高，全年进出港大型船舶艘次同比增长22%，大宗散货一二程海进江作业量超1.2亿吨。
