小清河济南港规划建设主城港区和章丘港区，将形成“一港二港区”格局。总体规划港口岸线6170米，生产性泊位总数27个，陆域总面积246万平方米，建成投入使用后预计2030年和2040年货物吞吐量为1230万吨和1530万吨。
主城港区位于荷花路小清河大桥下游200米，是济南港的核心港区。规划建设1000吨级泊位19个，占地面积2925亩，计划分三期建设。章丘港区位于国道308大桥下游150米，是济南港的重要港区。规划建设1000吨级生产性泊位数8个，占地面积765亩，计划分两期建设。
作为小清河沿线港口的龙头港，主城港区将发展成为以集装箱、件杂货等货物的装卸及仓储为主要功能，同时兼具运输换装和集疏运、运输组织管理、数字化服务、口岸服务和商贸服务、临港工业、港口物流园区、旅游、客运服务、保税加工等功能的大型现代化生态港口。
世界上很多的城市都是因港兴城，因港兴市，比如京杭运河的济宁、苏州、杭州，像海港的上海、青岛、天津等。济南港建设是小清河复航的枢纽工程，致力于将其打造成长江以北科技含量最高、功能最齐全、设施最完善、环保标准最高的内河枢纽港、龙头港。
山东海河港口有限公司董事长王礼介绍，他们与科研单在全国首制了3000吨级的河海直达船，可装载148个标准集装箱。“以前的船到小清河的河口需要转用海船，这条船到达渤海龙口港，直接加入到渤海湾的班轮，就能直达世界各地。随着河海直达船的使用，从某种意义上来说，济南港变成了一座海港。”
河海直达船能提高运输效率，同时降低物流成本。王礼给记者算了一笔账，河海直达船从济南直接到龙口港比中间转运大约要节省10个小时时间。河船改海船，每吨的成本大约降低2元钱。
“比如说，现在有一个企业的货物需求量为一千万吨，河海直达船运货每吨节省2元，一年就能节省运输成本2000万元，这对那些有大宗货物需求的企业而言，这是减少物流成本很好的办法。”王礼说。
